Для выполнения этой задачи нужно в product-sort.tpl добавить код

<option value="{$link->addSortDetails($request, 'reference', 'asc')|escape:'htmlall':'UTF-8'}" {if $orderby eq 'reference' AND $orderway eq 'asc'}selected="selected"{/if}>{l s='Reference: A to Z'}</option>
<option value="{$link->addSortDetails($request, 'reference', 'desc')|escape:'htmlall':'UTF-8'}" {if $orderby eq 'reference' AND $orderway eq 'desc'}selected="selected"{/if}>{l s='Reference: Z to A'}</option>

Затем необходимо внести правки в override/classes/Tools.php

$list = array(0 => 'name', 1 => 'price', 2 => 'date_add', 3 => 'date_upd', 4 => 'position', 5 => 'manufacturer_name', 6 => 'quantity', 7 => 'reference');

и

if ($value == 'id_product' || $value == 'date_add' || $value == 'date_upd' || $value == 'price' || $value == 'reference')