Для вывода списка товаров в нужной нам категории, открываем category.tpl и перед строкой {if $products} вставляем:

{if $category->id !== 1 && $category->id !== 2 && $category->id !== 3}

где номера это ID необходимых категорий.
Затем перед строкой {elseif $category->id} для закрытия логического условия вставляем:

{/if}

Если необходимо выводить товары только на страницах субкатегорий, то тогда такое логическое условие будет таким:

{if !isset($subcategories)}
...
{/if}